国立大学法人総合研究大学院大学（以下「総研大法人」という。）が設置する総合研究大学院大学（以下「総研大」という。）は、大学共同利用機関法人人間文化研究機構、大学共同利用機関法人自然科学研究機構、大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構及び独立行政法人宇宙航空研究開発機構（以下「機構法人」という。）が設置する大学共同利用機関等（以下「大学共同利用機関」という。）の優れた研究機能を活用して博士課程の学生の教育・指導に当たることを教育上の特色とし、具体的には、大学共同利用機関の教員、施設・設備を活用し、大学共同利用機関における研究活動への参加を通じて学生の教育・指導が行われるという他の大学とは異なる大学院に特化したユニークな大学である。
この総研大の特色を最大限に発揮するため、総研大法人と機構法人は、以下のとおり連係協力に関する協定を締結する。
（協定の趣旨）
第１条 国立大学法人法（平成１５年法律第１１２号）別表第１備考第２、同法第２９条第１項第３号及び独立行政法人宇宙航空研究開発機構法（平成１４年法律第１６１号）第１８条第１項第８号の規定に基づく総研大法人と機構法人との連係協力については、この協定の定めるところによる。
（基盤組織）
第２条 総研大の次の各号の研究科の運営は、各研究科の右に掲げる機構法人と連係協力して行う。
一 文化科学研究科 人間文化研究機構
二 物理科学研究科 自然科学研究機構及び宇宙航空研究
開発機構
三 高エネルギー加速器科学研究科 高エネルギー加速器研究機構
四 複合科学研究科 情報・システム研究機構
五 生命科学研究科 自然科学研究機構及び情報・システム研究機構
２ 先導科学研究科の教育研究に関する機構法人との連係協力については、必要に応じて総研大法人と各機構法人が別に協議する。
３ 第１項の研究科（以下「研究科」という。）の専攻は、別表に掲げるところにより、各機構法人の大学共同利用機関が担当する。
４ 研究科の専攻の新設改廃については、総研大法人と当該機構法人が協議のうえ決定する。
（機構法人の意見の尊重）
第３条 総研大法人は、研究科の各専攻の教員組織、教育課程、学生定員その他研究科及び専攻の運営に関する重要事項については、各専攻を担当する大学共同利用機関の意見に基づく当該機構法人の意見を尊重する。
（教員の任命手続き）
第４条 研究科各専攻の教員の任命は、総研大法人の学長（以下「学長」という。）が、機構法人の長（以下「機構長」という。）の申し出に基づき、研究科教授会の議を経て行う。
２ 前項の機構長の申し出は、当該専攻を担当する大学共同利用機関の長の推薦を受け、それを尊重して行う。
３ 学長は、第１項に基づき教員を任命したときは、その旨を機構長に通知する。
（専攻長の任命手続き）
第５条 研究科の専攻長の任命は、学長が機構長の申し出に基づき、専攻委員会の議を経て行う。
２ 前項の機構長の申し出は、専攻を担当する大学共同利用機関の長の意見を聞いて行う。
３ 学長は、第１項に基づき専攻長を任命したときは、その旨を当該専攻長が所属する大学共同利用機関の長及び機構長に通知する。
（研究科長の任命手続き）
第６条 研究科の研究科長の任命は、研究科教授会の議により選考された者について、学長が行う。
２ 学長は、研究科長を任命するにあたっては、研究科長として選考の対象となる者について、事前にその者が所属する大学共同利用機関の長及び機構長の了承を得るものとする。
３ 学長は、第１項に基づき研究科長を任命したときは、その旨を当該研究科長が所属する大学共同利用機関の長及び機構長に通知する。
（教員の給与及び労働条件）
第７条 総研大法人は、研究科教員の給与の基準を定め、その基準の適用については、専攻長が大学共同利用機関の長を通じて機構長と協議により行う。
２ 給与以外の研究科教員の労働条件は、研究科教員の職務が当該教員が所属する大学共同利用機関における職務と一体的に行われることに鑑み、総研大法人と機構法人が協議して別に定めるもののほかは、当該教員が所属する機構法人の就業規則による。
（経費の負担及び経理の委任）
第８条 総研大法人は、給与その他研究科の教育に要する経費を負担する。
２ 前項により総研大法人が負担する経費の範囲及び額については、総研大法人と機構法人が協議する。
３ 総研大法人は、前２項により負担する経費の経理を機構法人に委任する。機構法人は、事業年度終了後すみやかに総研大法人の定める様式により、経理の状況を総研大法人に報告する。
（機構法人の連係協力等）
第９条 機構法人は、研究科の各専攻を担当する大学共同利用機関の判断により、その施設・設備を無償で当該専攻の利用に供する。
２ 総研大法人は、研究科の専攻の教育に必要な専用施設・設備については、機構法人と協議しながらその整備に努める。
３ 機構法人及び大学共同利用機関は、その担当する研究科又は専攻の求めに応じて、当該研究科又は専攻の運営に関し必要と認める協力を行う。
（その他の連係協力）
第10条 研究科の教育以外の総研大の教育研究に関する機構法人の連係協力については、必要に応じて総研大法人と機構法人が別に協議する。
（協定の変更）
第11条 この協定は、総研大法人と機構法人の合意により変更することができる。
（協定書の作成所持）
第12条 協定書正本７通を作成し、総研大法人及び機構法人が各１通を所持する。
附 則
１ この協定は、平成２２年４月１日から発効する。
２ 独立行政法人宇宙航空研究開発機構における本協定書の適用については、「機構法人」とあるのは「宇宙航空研究開発機構及び宇宙科学研究所」と、「大学共同利用機関」とあるのは「宇宙科学研究所」と、「機構長」とあるのは「宇宙航空研究開発機構理事長」と、「大学共同利用機関の長」とあるのは「宇宙科学研究所長」と読み替える。
３ 平成１６年４月１日適用の総合研究大学院大学に関する協定書及び同協定書に基づく覚書は、機構法人については、この協定発効の日に失効する。
別表（第２条第３項関係）
研究科名 | 専攻名 | 機構法人名 | 大学共同利用機関名 |
文化科学 | 地域文化学 比較文化学 国際日本研究 日本歴史研究 日本文学研究 | 人間文化研究機構 人間文化研究機構 人間文化研究機構 人間文化研究機構 人間文化研究機構 | 国立民族学博物館 国立民族学博物館 国際日本文化研究センター 国立歴史民俗博物館 国文学研究資料館 |
物理科学 | 構造分子科学 機能分子科学 天文科学 核融合科学 宇宙科学 | 自然科学研究機構 自然科学研究機構 自然科学研究機構 自然科学研究機構 宇宙航空研究開発機構 | 分子科学研究所 分子科学研究所 国立天文台 核融合科学研究所 宇宙科学研究所 |
高エネルギー 加速器科学 | 加速器科学 物質構造科学 素粒子原子核 | 高エネルギー 加速器研究機構 高エネルギー 加速器研究機構 高エネルギー 加速器研究機構 | 加速器研究施設 共通基盤研究施設 物質構造科学研究所 素粒子原子核研究所 |
複合科学 | 統計科学 極域科学 情報学 | 情報・システム 研究機構 情報・システム 研究機構 情報・システム 研究機構 | 統計数理研究所 国立極地研究所 国立情報学研究所 |
生命科学 | 遺伝学 基礎生物学 生理科学 | 情報・システム 研究機構 自然科学研究機構 自然科学研究機構 | 国立遺伝学研究所 基礎生物学研究所 生理学研究所 |
平成２２年 ３月３１日
大学共同利用機関法人人間文化研究機構長
金 田 章 裕
大学共同利用機関法人自然科学研究機構長
志 村 令 郎
大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構長
鈴 木 厚 人
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構長
堀 田 凱 樹
独立行政法人宇宙航空研究開発機構理事長
立 川 敬 二
理事・宇宙科学研究本部長
小野田 淳次郎
国立大学法人総合研究大学院大学長
高 畑 尚 之